Doce años atrás, el zorro demonio de las nueve colas, Kyūbi, atacó la la Aldea Oculta de Konoha hasta que el cuarto Hokage, lo venció, sacrificando su propia vida para sellar al zorro en el interior de un niño recién nacido. El nombre de aquel niño era Uzumaki Naruto.
El cuarto Hokage fue recordado como héroe por sellar al zorro de nueve colas, sin embargo Naruto éste creció con el desprecio de su pueblo, ya que lo veían como si fuera la reencarnación el zorro que había asesinado a sus familias y destruido su pueblo.
Naruto creció como un huérfano, sin amigos o reconocimiento excepto de su maestro en la academia ninja Umino Iruka, que había sido como él. Él no podía hacer volver a sus padres o forzar a la gente a ser sus amigos, así que buscó el reconocimiento por otros modos. Naruto está a punto de acabar su último curso en la academia y a graduarse como gennin al mas bajo de los grados ninja, hecho que cambiarán y definirán su mundo para el resto de su vida.
Naruto es asignado con dos compañeros, para formar lo que sería el séptimo grupo, uno de ellos es Uchiha Sasuke, quien también será eterno rival y Haruno Sakura, de quien está enamorado, creando un triángulo amoroso. Los tres forman el equipo 7 bajo la guía del experimentado junnin Hatake Kakashi. Cada uno con un sueño individual, se lanzarán a aprender nuevas habilidades y técnicas para lograr su objetivo.
Tras algunas misiones con su grupo, tiene lugar uno de los dos exámenes anuales para alcanzar el rango de chunnin. El séptimo grupo y otros más de los novatos de Konoha, junto con ninjas de otras aldeas participan en los exámenes. Sin embargo, durante el trancurso de la tercera prueba y final de los exámenes, ésta se ve interrumpida por un ataque sorpresa a Konoha que lleva a cabo Orochimaru (ninja renegado de la propia villa), en alianza con la aldea oculta de la Arena. Esto provoca la muerte del tercer Hokage, y la forzosa elección de Tsunade para ocupar el cargo, combirtiéndose en el quinto Hokage de Konoha.
En el siguiente tramo de la historia, Sasuke, último descendiente de los Uchiha, debido a que su hermano mayor Uchiha Itachi los asesinó a todos, para probar su poder, y huyó de la aldea. La principal motivación de Sasuke es matar a su hermano algún día, y hacer resurgir su clan. La aparición de éste buscando capturar a Naruto para la misteriosa Organización Akatsuki acelera la historia. Por otra parte, Orochiaru, en su ansia de poder, se fija en Sasuke, al cual convence para que se le una a cambio de fuerza para matar a su hermano. Acabando así la primera parte de la historia.
En la segunda parte de la historia, con el nombre Naruto Shippuden, Naruto ha pasado éstos últimos tres años entrenando junto a Jiraiya, mientras que los demás han alcanzado ya rangos superiores, en su mayoría chunin. La Organización Akatsuki reaparece, y se revela que su objetivo es capturar a los nueve Bijū, las legendarias bestias con colas, siendo el Kyūbi la más podereosa de ellas. Primero se lanzan a por el Shukaku, bestia sellada en el interior de el Kazekage de la aldea oculta de la arena, Sabaku no Gaara amigo de Narto, consiguiéndola. A continuación, un nuevo miembro se une al séptimo grupo, en sustitución a Sasuke, Sai, y un nuevo junnin, mientras Kakashi se recupera de la fuerte pelea contra Deidara en un intento de rescatar a Gaara, Yamato.
También dos nuevos miembros de Akatsuki entran luego en acción para capturar a Naruto, pero son detenidos por los ninjas de Konoha y la nueva técnica de Naruto
Por otra parte Sasuke acaba con Orochimaru y libera a quienes éste tenía presos en la aldea del Sonido. Sasuke está actualmente reuniendo un grupo de 3 personas, con el proposito de ir en busca de Itachi, su hermano, para matarlo definitivamente. Konoha se entera de que Sasuke ha acabado con Orochimaru, y deciden ir en busca Sasuke. Por lo que deciden mandar desde Konoha dos grupos de ninjas para esta misión.
